Kortex, vnitřní střední vrstva, je tou nejdůležitější a nejkomplexnější částí vlasů.

Jelikož obsahuje proteinové řetězce, vodíkové vazby, iontové vazby a disulfidové vazby, je důležitou pro chemické služby včetně barvení, trvalé ondulace, permanentního vyrovnání nebo keratinové péče. Díky své vnitřní struktuře je kortex zodpovědný za sílu pružnost vlasu. Také obsahuje pigmenty (melanin) určující přírodní barvu vlasů.

Buňky kortexu obsahují makrofibrily.

Každá makrofibrila obsahuje mikrofibrily.

Mikrofibrila (intermediární filamenty) sestává z protofibril. Ty jsou složeny z protofilamentů.

 Každý protofilament je složený z alfa-spirál.

 Ve své nejhlubší podstatě je vlas tvořen disulfidovými, iontovými a vodíkovými vazbami, které tvoří alfa-helix.